国务院机构分为办公厅、组成部门、直属特设机构、直属机构、办事机构、直属事业单位。其名称一般由三部分组成，即区域或层级关系、矢名、格级名，分别规定了机构的管理服务范围层级、隶属关系、工作内容以及级别规格等。

   国务院组成部门，名称分别叫“部、委、行、署”，除中国人民银行外，开头都冠“中华人民共和国”。这里的“中华人民共和国”既是国别概念，也是区域概念。其中，国家发展和改革委员会、国家民族事务委员会、国家卫生和计划生育委员会等3个委员会的名称还要冠“国家”，主要是与地方政府相应的“委员会”进行区分。而名称为“部、署”的组成部门，不存在与地方政府相应机构混淆的问题，无需再冠“国家”。需要说明的是，国家发展和改革委员会等机构名称中冠“国家”还是历史惯例，从建国初期开始，其前身国家计划委员会的名称中就一直冠有“国家”。

   国务院直属机构，除海关总署、国务院参事室外，名称都是“国家ⅩⅩ（总）局”，对外交往中可在名称前加“中华人民共和国”或“中国”。这些机构名称中冠“国家”，也是为了与地方政府相应机构进行区分。

   国务院办事机构，除国务院研究室外，名称均是“国务院ⅩⅩ办公室”。对外交往时也可在名称前加“中华人民共和国”。

   国务院直属事业单位，根据职能情况不同，名称分别叫“局”、“委员会”、“社”、“院”、“中心”、“理事会”，大多数冠“中国”，也有冠“国务院”或“国家”。

   此外，部委管理的国家局，除中国民航局外，名称均是“国家ⅩⅩ局”。对外交往时也可在名称前加“中华人民共和国”。