大部门制改革的关键是部门在职能上实行有机统一，以利于明确责权，协调配合和行政问责。党的十七大提出“探索实行职能有机统一的大部门体质”，这是大部门体质第一次在党内正式文件中得以确认，是一项带有探索性、创造性的改革措施。十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体质改革的意见》进一步明确要“按照精简统一效能的原则和决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的要求，紧紧围绕职能转变和理顺职责关系，进一步优化政府组织结构，规范机构设置，探索实行职能有机统一的大部门体质，完善行政运行体制”。党中央、国务院关于大部门制度改革的决策部署，为下一步政府机构改革指明了方向和目标。