职能管理是机构编制工作的重要内容。改革开放前，在计划管理体制下，我国政府职能主要体现在计划工作概要中，职能调整主要通过国民经济计划调控和工作任务的调整实现。改革开放以来，我国政府职能逐步从适应计划经济体制向适应社会主义市场经济体制转变，职能管理也相应地从体现在部门的工作计划到以“三定”规定形式作出规定，其内容和方式发生了深刻变化。目前，机构编制管理机关对职能进行管理主要通过三种途径：一是在部门（单位）“三定”规定中体现主要职责和与其他部门在某一方面或某项工作的职责分工；二是对工作中出现的职责交叉重复问题进行协调，坚持一类事项原则上由一个部门统筹，一件事情原则上由一个部门负责；三是加强对部门履职情况的监督检查，及时提出意见。